Dafür gibt es seit Version 1.7 eine Einstellungsmöglichkeit. Gehe auf die Einstellungsseite vom Plugin unter WooCommerce > WooCommerce Bexio Automator. Hier findest Du im Abschnitt Bexio Konfiguration die Option Steuern deaktivieren. Aktiviere diese, um die MwSt-Steuern auszuschalten.
Hinweis: Selbst wenn du die Funktion ausgeschaltet hast, erwartet Bexio dennoch gültige MwSt-Sätze, obwohl diese ja dann nicht gebraucht werden.
Falls Du noch die alte Version hast, kann das nur mittels einem Code Snippet ausgeschaltet werden. Das Snippet muss irgendwo in der Webseite integriert werden (z.B. im functions.php File im WordPress Theme).